正常人输精管内可有细菌存在，输精管内存在的致病菌，也是泌尿生殖系炎症比较常见的细菌，如白色葡萄球菌、产碱杆菌等，绝大多数为毒力较低的条件致病菌。所以输精管炎常因泌尿、生殖器系炎症时，细菌侵入输精管引起;另一病因是施行输精管结扎术因阴囊皮肤消毒不严或手术诱发输精管内细菌活动所致。
由于精索受到损伤或施行输精管结扎术后的输精管炎性结节，目前认为是一种自身性免疫，当输精管损伤或结扎时，精子穿透或外渗到四周组织，引起自身免疫反应，出现输精管结节。另有学者认为结节与术中未执行严格的无菌技术，输精管分离不清而过多结扎了四周组织包括神经组织，以及结扎力量过大或结扎线太粗、太多等有关。
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